Diese Abtei soll von Finian, dem Aussätzigen (irisch : Saint Finian Lobhar) um 640 auf der Insel Innisfallen Island im Lough Leane in der Nähe von Killarney im County Kerry gegründet worden sein, vielleicht sogar als Leprakolonie.
St. Finian wurde in Bregia, Leinster, als Sohn von Conail und Nachkomme von Alild, König von Munster, geboren und war vielleicht Schüler von Columba bzw. wurde in einer seiner Gründungen ausgebildet. Es gibt auch Bezüge zu St. Brendan.
Er wurde von Bischof Fathlad ordiniert und vielleicht von ihm geweiht. Er soll ein strenger Abt gewesen sein, dessen Mönche vegetarisch lebten. Nach Gründung von Innisfallen Abbey hielt er sich in Clonmore Abbey in Leinster auf und wurde später eventuell auch durch Columba Abt der Swords Abbey bei Dublin. Berichten nach könnte er als Abt nach Clonmore zurückgekehrt sein, wo er auch begraben ist. Legenden zufolge erkrankte er an Lepra. Sein Festtag ist der 16. März.
Veilleicht verdankt der Lough Leane seinen Namen dem Ruf der Gelehrsamkeit der Mönche, denn das "Loch Léin" bedeutet „See des Lernens“.
Die Abtei wurde später Augustinerkloster und wuchs zu einem Bildungszentrum der frühen christlichen Welt. Größter Gelehrter war der Mönch Maelsuthain O’Carroll, Freund und Berater von Brian Boru, dem High King of Ireland.
Nach den Überlieferungen wurde Brian Boru im 10. Jahrhundert auf Innisfallen Island von Maelsuthain ausgebildet.
Maelsuthain gilt auch als Initiator der Annals of Inisfallen, der mit über 2500 Einträgen ältesten erhaltenen mittelalterlichen Chronik Irlands. Sie sind in irischer und lateinischer Sprache verfasst und bestehen aus einem undatierten Teil über die Zeit vor Patrick und einem Teil über die Zeit von 433 bis 1450. Die Aufzeichnungen wurden 1092 in Emly (Co. Tipperary) begonnen und über mehrere Stationen (Toomgraney, Killaloe, Lismore) 1215 nach Innisfallen gebracht, wo sie auch bis zur Fertigstellung im 14. Jahrhundert blieben.Eine erhaltene Handschrift befindet sich heute in der Universität Oxford.
Während seines 1000-jährigen Bestehens war Inisfallen Ziel von Angriffen und Plünderungen. Aufgegeben wurde die Abtei aber erst, als die Truppen Oliver Cromwell´s etwa 1650 diesen Ort erreichten. Im 19. Jahrhundert wurde Inisfallen u.a. von Thomas Moore besucht, der u.a. folgende Zeilen darüber verfasste:
Sweet Innisfallen, long shall dwell
In memory’s dream that sunny smile
Which o’er thee on that evening fell,
When first I saw thy fairy isle.
(Auszug aus Thomas Moore´s Gedicht "Sweet Inisfallen")
Geht man heute über die verwunschene Insel und betrachtet die Ruinen der Abtei oder begegnet dem Rudel Rotwild, das auf der Insel lebt, kann man immer noch die Ausstrahlung dieses abgelegenen Ortes spüren und nachempfinden, wie sich die ersten Mönche auf dieser Insel gefühlt haben müssen.